version
PlantPromoterDB promoter information of J090081F21

Summary of Gene (J090081F21)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0103200        NCBI 
Gene model J090081F21  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 162786-163985)

Genome position     
from initiation codon
006-040-F03         
006-046-E07         
006-048-H01         
006-051-D11         
006-073-E11         
006-080-H11         
006-083-D01         
006-085-F04         
006-091-D12         
006-101-A02         
006-104-F07         
006-107-D10         
006-117-D06         
AK061557            
AK104195            
AK104478            
AK104627            
AK104772            
AK119201            
J013027B22          
J013055A01          
J013098L03          
J013102L10          
J013120K16          
J023003O11          
J023041K07          
J023055G17          
J023079K07          
J023090N20          
J023103J15          
J023108H02          
J033082M02          
J065141L15          
J090005I09          
J090030J04          
J090081B19          
J100019G08          
TSS from cDNA
TSS information
J090081F21                       5'->3' (+)
Promoter sequence

 
J065089F17          
J065112N04          
J065163L03          
J065192E02          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090081F21

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+163696-90
TSS clone peakGclone+163708-78
TSS cloneAclone+163750-36
TSS cloneGclone+163759-27

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGTGTG+163644163651-142-135
 OsREG499GGTGTGTG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGATGGGCTTG-162825162835AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG608GGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG466 GATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG496   TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGGCCCATGT-162844162854AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG647GGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489 GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517  GGCCCATG  PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG437   GCCCATGT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAATGGGCTGATGGGC-162867162882AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG422AAATGGGC         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432 AATGGGCT        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491  ATGGGCTG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG657   TGGGCTGA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607        TGATGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGCCGCA-162902162909AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03
 OsREG643GGGCCGCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.