version
PlantPromoterDB promoter information of J090084L02

Summary of Gene (J090084L02)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0623900        NCBI 
Gene model J090084L02  
Description Similar to Splicing factor, arginine/serine-rich 2 (Splicing factor SC35) (SC-35) (Splicing component, 35 kDa) (PR264 protein).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26564894-26566093)

Genome position     
from initiation codon
J090025M21          
J090082F22          
TSS from cDNA
TSS information
J090084L02                       5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J090084L02

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+26565497-397

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCCCC+2656549626565503-398-391
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCACGGCCCG+2656520226565211-692-683
 OsREG521CCACGGCC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG504 CACGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG446  ACGGCCCG PPDB MotifACGGGC  PLACE Motif 
REGCAACGGCC+2656524126565248-653-646
 OsREG494CAACGGCC PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCACGCCACGCCACGCGACGCGAC+2656525326565275-641-619
 OsREG502CACGCCACGCCAC           PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG556            CGCGACGC    PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG559             GCGACGCG   PPDB Motif  PLACE MotifCGACG 
 OsREG583               GACGCGAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGCACCGC+2656535526565362-539-532
 OsREG554CGCACCGC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.