PlantPromoterDB promoter information of J100029C06

Summary of Gene (J100029C06)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0310800 NCBI
Gene model	J100029C06
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 11143681-11144880)

`Genome position from initiation codon` 009-126-C10 009-156-D02 AK058663 AK099476 J065084G15 J075046C12 J075058D24 J075151M03 J075151M04 J075153I20 J075167J05 J075179G06 J100025I19 J100025L21 J100068E24 J100070F10 J100083H23 J100089H10 TSS from cDNA TSS information J100029C06 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100029C06

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 11144237 -94

TSS clone peak G clone + 11144239 -92

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	11144237	-94
TSS clone peak	`G`	clone	+	11144239	-92

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTATAAATG + 11144203 11144212 -128 -119

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTATAAATG`	+	11144203	11144212	-128	-119
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCGCGCG + 11144013 11144020 -318 -311

OsREG557 GTCGCGCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AGCCCACCAAC + 11144049 11144059 -282 -272

OsREG462 AGCCCACC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599 GCCCACCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG520    CCACCAAC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CACGTGGGCCAC + 11144100 11144111 -231 -220

OsREG508 CACGTGGG     PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG449 ACGTGGGC    PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571   CGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654    GTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG653     TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGGA + 11144175 11144182 -156 -149

OsREG633 GGCCCGGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCGCGCG`		+	11144013	11144020	-318	-311
	OsREG557	`GTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACCAAC`		+	11144049	11144059	-282	-272
	OsREG462	`AGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG520	`CCACCAAC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CACGTGGGCCAC`		+	11144100	11144111	-231	-220
	OsREG508	`CACGTGGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`GTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG653	`TGGGCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCCGGA`		+	11144175	11144182	-156	-149
	OsREG633	`GGCCCGGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None