version
PlantPromoterDB promoter information of J100043N23

Summary of Gene (J100043N23)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0533800        NCBI 
Gene model J100043N23  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 20508976-20507777)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
J100043N23                       5'->3' (-)
Promoter sequence

 
006-022-D07         
012-014-E01         
AB062681            
AK061722            
AK106147            
AK121892            
J013045C19          
J013170C10          
J033058C15          
J033105C15          
J033120B19          
J065029J08          
J065098B15          
J065098J23          
J100036F05          
J100077E11          
J100087A08          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100043N23

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-20507340-114

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCACTGACA-2050739720507404-171-178
 OsREG510CACTGACA PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
REGATCCGACGG-2050740620507414-180-188
 OsREG483ATCCGACG  PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCGACG 
 OsREG546 TCCGACGG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCGACG 
REGTAGGCCCAGA-2050754420507553-318-327
 OsREG656TAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG473 AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG629  GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGGCCCAAAC-2050756420507574-338-348
 OsREG587GAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625  GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG593   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCGGGCCGGG-2050758120507592-355-366
 OsREG614GGCCGGGC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG616 GCCGGGCC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG544  CCGGGCCG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG538    GGGCCGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+20507823AK121892, AK121892, AK061722, AK106147, AB062681

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.