PlantPromoterDB promoter information of J100045B16

Summary of Gene (J100045B16)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0450000 NCBI
Gene model	J100045B16
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 16109567-16110766)

`Genome position from initiation codon` 009-033-A08 AK063789 AK121702 J033073H17 J065006A02 J065009C05 J065028M04 J065070D07 J065072H17 J065114J23 J065127A02 J065146L07 J065213H17 J065214B07 TSS from cDNA TSS information J100045B16 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100045B16

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 16109041 -76

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	16109041	-76

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTCTATAT + 16109008 16109016 -109 -101

Y Patch CTTCCTCT + 16109005 16109012 -112 -105

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTCTATAT`	+	16109008	16109016	-109	-101
Y Patch	`CTTCCTCT`	+	16109005	16109012	-112	-105
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCACGTC + 16108773 16108781 -344 -336

OsREG448 CGCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG585 GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG ATTTGGGCCGA + 16108954 16108964 -163 -153

OsREG493 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCGGCCCATA + 16108968 16108978 -149 -139

OsREG642 TTCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658 TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   CGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCGGCCC + 16108991 16108998 -126 -119

OsREG615 GCCGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCACGTC`		+	16108773	16108781	-344	-336
	OsREG448	`CGCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`ATTTGGGCCGA`		+	16108954	16108964	-163	-153
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTCGGCCCATA`		+	16108968	16108978	-149	-139
	OsREG642	`TTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCGGCCC`		+	16108991	16108998	-126	-119
	OsREG615	`GCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None