PlantPromoterDB promoter information of J100071P19

Summary of Gene (J100071P19)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0678600 NCBI
Gene model	J100071P19
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29676546-29677745)

`Genome position from initiation codon` TSS from cDNA TSS information J100071P19 5'->3' (+) Promoter sequence AB071014 AB100696 AK067839 AK100998 J013089O09 J013126J24 J013146L16 J013160D06 J065061I21 J090065C23 J090067N19 J090070E11 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100071P19

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 29678164 -32

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	29678164	-32

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTCGGCCCAGC + 29678028 29678038 -168 -158

OsREG575 CTCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658 TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565   CGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620    GGCCCAGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTCGGCCCAGC`		+	29678028	29678038	-168	-158
	OsREG575	`CTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 29676795 AB100696, J090067N19, AK100998, AB100696, J013089O09, J013126J24, AK067839, J090070E11, J013160D06, J013146L16, AB071014

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	29676795	AB100696, J090067N19, AK100998, AB100696, J013089O09, J013126J24, AK067839, J090070E11, J013160D06, J013146L16, AB071014

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCGCGTC - 29676959 29676966 AB071014, AB100696, AK067839, AK100998, J013089O09, J013126J24, J013146L16, J013160D06, J090067N19, J090070E11

OsREG583 GTCGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCAAAC - 29677039 29677046 AB071014, AB100696, AK067839, AK100998, J013089O09, J013126J24, J013146L16, J013160D06, J090067N19, J090070E11

OsREG593 GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCAAC - 29677060 29677069 AB071014, AB100696, AK067839, AK100998, J013089O09, J013126J24, J013146L16, J013160D06, J090067N19, J090070E11

OsREG660 TTGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626 GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif