PlantPromoterDB promoter information of J100075D01

Summary of Gene (J100075D01)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0142900 NCBI
Gene model	J100075D01
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2363560-2362361)

`Genome position from initiation codon` `AK073102 J033022E04 J033051I24 J065104A15 TSS from cDNA TSS information J100075D01 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100075D01

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 2356371 -161

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2356371	-161

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAGGCCCAGGCCCAGGCCCGGCCC - 2356427 2356451 -217 -241

OsREG524 CCAGGCCCAGGCCCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513 CAGGCCCAGGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473   AGGCCCAGGCCCAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG550    GGCCCAGGCCCAGG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG616                GGCCCGGC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614                 GCCCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538                  CCCGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCAGCCCAG - 2356454 2356463 -244 -253

OsREG533 CCCAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523 CCAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG512   CAGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAACGGCCCATT - 2356484 2356495 -274 -285

OsREG494 CAACGGCC     PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG423 AACGGCCC    PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG490    CGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431     GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGACACGT - 2356569 2356576 -359 -366

OsREG451 GGACACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG GAAGCCCATCT - 2356625 2356635 -415 -425

OsREG582 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466   AGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456    GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCCCCA - 2356645 2356652 -435 -442

OsREG482 ATCCCCCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAGGCCCAGGCCCAGGCCCGGCCC`		-	2356427	2356451	-217	-241
	OsREG524	`CCAGGCCCAGGCCCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`CAGGCCCAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG550	`GGCCCAGGCCCAGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCAGCCCAG`		-	2356454	2356463	-244	-253
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG512	`CAGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAACGGCCCATT`		-	2356484	2356495	-274	-285
	OsREG494	`CAACGGCC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG423	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGACACGT`		-	2356569	2356576	-359	-366
	OsREG451	`GGACACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`GAAGCCCATCT`		-	2356625	2356635	-415	-425
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG466	`AGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG456	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCCCCCA`		-	2356645	2356652	-435	-442
	OsREG482	`ATCCCCCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 2363058 AK073102, J033051I24, AK073102

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2363058	AK073102, J033051I24, AK073102

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCCCGCA - 2363111 2363118 AK073102, J033051I24

OsREG632 GGCCCGCA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACGGCCCGTT - 2363126 2363137 AK073102, J033051I24

OsREG420 AAACGGCC     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG423 AACGGCCC    PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG446   ACGGCCCG   PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG424     GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif

REG TTGTGGGCCTC - 2363140 2363150 AK073102, J033051I24

OsREG597 TTGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627 TGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGGGACCCG - 2363262 2363272 AK073102, J033051I24

OsREG652 TGAGGGAC    PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG569    GGGACCCG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif