PlantPromoterDB promoter information of J100086L12

Summary of Gene (J100086L12)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0791800 NCBI
Gene model	J100086L12
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 33787005-33785806)

`Genome position from initiation codon` 013-037-A12 AB079798 AK067703 AK120251 J013045G10 J023102B18 J065020J23 J065127I21 J065151E11 J075076B05 J075116C15 J075136A07 J100029G21 J100030K01 J100041J02 J100049C22 J100057G17 TSS from cDNA TSS information J100086L12 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100086L12

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 33786185 -180

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	33786185	-180

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCCTCTCTCTC - 33786139 33786152 -134 -147

Y Patch CTCCCTCTCCTCCTC - 33786172 33786186 -167 -181

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCCTCTCTCTC`	-	33786139	33786152	-134	-147
Y Patch	`CTCCCTCTCCTCCTC`	-	33786172	33786186	-167	-181
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGTTGGGCCCC - 33786257 33786267 -252 -262

OsREG595 GGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626 GTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    TGGGCCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCGTCC - 33786295 33786302 -290 -297

OsREG468 AGCCGTCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGTGGGACCCA - 33786333 33786345 -328 -340

OsREG508 CACGTGGG      PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG650    GTGGGACC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648     TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG637      GGGACCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CAGGTGGGCCAT - 33786350 33786361 -345 -356

OsREG514 CAGGTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG476 AGGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654    GTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG487     TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGTGGACCCAC - 33786438 33786448 -433 -443

OsREG570 CGTGGACC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG622    GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GACAGGTGGGCCCATGG - 33786465 33786481 -460 -476

OsREG501 GACAGGTG          PPDB Motif PLACE Motif

OsREG436 ACAGGTGG         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514   CAGGTGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG476    AGGTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628     GGTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640      GTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489        GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517         GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG525          GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGTTGGGCCCC`		-	33786257	33786267	-252	-262
	OsREG595	`GGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCGTCC`		-	33786295	33786302	-290	-297
	OsREG468	`AGCCGTCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACGTGGGACCCA`		-	33786333	33786345	-328	-340
	OsREG508	`CACGTGGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG650	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG637	`GGGACCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CAGGTGGGCCAT`		-	33786350	33786361	-345	-356
	OsREG514	`CAGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`GTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG487	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGTGGACCCAC`		-	33786438	33786448	-433	-443
	OsREG570	`CGTGGACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG622	`GGACCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GACAGGTGGGCCCATGG`		-	33786465	33786481	-460	-476
	OsREG501	`GACAGGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG436	`ACAGGTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CAGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG525	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None