PlantPromoterDB promoter information of J100088F12

Summary of Gene (J100088F12)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0253500 NCBI
Gene model	J100088F12
Description	Conserved hypothetical protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8394449-8395648)

`Genome position from initiation codon` TSS from cDNA TSS information J100088F12 5'->3' (+) Promoter sequence 009-171-F12 AB111915 AK058837 J065009D06 J065056K18 J065073B17 J065073H13 J065090I06 J065123N02 J075124D17 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J100088F12

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 8393433 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	8393433	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCCC + 8393407 8393414 -92 -85

Y Patch CCTTCCCTTCCCT + 8393466 8393478 -33 -21

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCCC`	+	8393407	8393414	-92	-85
Y Patch	`CCTTCCCTTCCCT`	+	8393466	8393478	-33	-21
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGGCCCCACGT + 8393341 8393352 -158 -147

OsREG567 CGGGCCCC     PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG641 GGGCCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631   GGCCCCAC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572    GCCCCACG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG450     CCCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif

REG TCTGGGCCCACGA + 8393364 8393376 -135 -123

OsREG629 TCTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579 CTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640    GGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571     GGCCCACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG601      GCCCACGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTCGCGCGC + 8393383 8393391 -116 -108

OsREG558 CTCGCGCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

OsREG617 TCGCGCGC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGGCCCCACGT`		+	8393341	8393352	-158	-147
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG450	`CCCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
REG	`TCTGGGCCCACGA`		+	8393364	8393376	-135	-123
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG601	`GCCCACGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTCGCGCGC`		+	8393383	8393391	-116	-108
	OsREG558	`CTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	OsREG617	`TCGCGCGC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None