PlantPromoterDB promoter information of Os03g0138600

Summary of Gene (Os03g0138600)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0138600 NCBI
Gene model	Os03g0138600
Description	Protein of unknown function DUF810 family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2111200-2110001)

`Genome position from initiation codon` 009-045-H03 AK072119 J013025I16 J013123D02 J023048B09 J023048C09 J065027O03 J065028C03 J065080H22 J065102H03 J065137P14 J065143C23 J065168G06 J065192N07 J065205I11 J075040F03 J075052H20 J075118L18 J075126C19 J075173L07 TSS from cDNA TSS information Os03g0138600 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of Os03g0138600

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 2107841 -41

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	2107841	-41

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCGGGCCCCACCAC - 2107885 2107899 -85 -99

OsREG616 GCCGGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543 CCGGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG567   CGGGCCCC      PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612      GCCCCACC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG527        CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGTGGGGCC - 2107916 2107926 -116 -126

OsREG528 CGGGTGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG612   GGTGGGGC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631    GTGGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTGTCG - 2107955 2107962 -155 -162

OsREG452 ACGTGTCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG AGTTGGGCCGAAGAAGCCCATA - 2107982 2108003 -182 -203

OsREG479 AGTTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626 GTTGGGCC              PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658    TGGGCCGA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642     GGGCCGAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG582             GAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429              AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG465               AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTCGGCC - 2108019 2108026 -219 -226

OsREG634 TTTCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AGATGGGCCAT - 2108046 2108056 -246 -256

OsREG456 AGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG487    TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCGGGCCCCACCAC`		-	2107885	2107899	-85	-99
	OsREG616	`GCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGTGGGGCC`		-	2107916	2107926	-116	-126
	OsREG528	`CGGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG612	`GGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGTGTCG`		-	2107955	2107962	-155	-162
	OsREG452	`ACGTGTCG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`AGTTGGGCCGAAGAAGCCCATA`		-	2107982	2108003	-182	-203
	OsREG479	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG465	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTCGGCC`		-	2108019	2108026	-219	-226
	OsREG634	`TTTCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCAT`		-	2108046	2108056	-246	-256
	OsREG456	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG487	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None