PlantPromoterDB promoter information of Os07g0611800

Summary of Gene (Os07g0611800)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0611800 NCBI
Gene model	Os07g0611800
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 25855273-25856472)

`Genome position from initiation codon` `AK109158 TSS from cDNA TSS information Os07g0611800 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of Os07g0611800

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 25855746 -977

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	25855746	-977

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC + 25855730 25855737 -993 -986

Y Patch CTCTCCTC + 25855783 25855790 -940 -933

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	+	25855730	25855737	-993	-986
Y Patch	`CTCTCCTC`	+	25855783	25855790	-940	-933
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAGCCCATACTGGCCCAATT + 25855514 25855534 -1209 -1189

OsREG582 GAAGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429 AAGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG465   AGCCCATA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG606    GCCCATAC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577           CTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659            TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492             GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433              GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGCGTGCGCACGGCCCATG + 25855538 25855556 -1185 -1167

OsREG555 CGCGTGCG            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG504         CACGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445          ACGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG490           CGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517            GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG CCCACTCC + 25855682 25855689 -1041 -1034

OsREG532 CCCACTCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAGCCCATACTGGCCCAATT`		+	25855514	25855534	-1209	-1189
	OsREG582	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG465	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG606	`GCCCATAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG433	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGCGTGCGCACGGCCCATG`		+	25855538	25855556	-1185	-1167
	OsREG555	`CGCGTGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG504	`CACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`CCCACTCC`		+	25855682	25855689	-1041	-1034
	OsREG532	`CCCACTCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None