PlantPromoterDB promoter information of AT1G01180

Summary of Gene (AT1G01180)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G01180 TAIR NCBI
Gene model	AT1G01180
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: sperm cell, hypocotyl; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G19270.1); Has 228 Blast hits to 228 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 48; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 148 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 74633-75832)

`Genome position from initiation codon` `AT1G01180.1 TSS from cDNA TSS information AT1G01180 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G01170.1 AT1G01170.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01180

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 75585 -48

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	75585	-48

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 75602 -31

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	75602	-31

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATAAACT + 75546 75557 -87 -76

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATAAACT`	+	75546	75557	-87	-76
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGACACGTAAAGTCAA + 75417 75432 -216 -201

AtREG470 AGACACGT         ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA        ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG632         AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGACACGTAAAGTCAA`		+	75417	75432	-216	-201
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG557	`GACACGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 - 74735 AT1G01170.1, AT1G01170.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	-	74735	AT1G01170.1, AT1G01170.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 74731 AT1G01170.1, AT1G01170.2

TSS clone T clone - 74730 AT1G01170.1, AT1G01170.2

TSS clone G clone - 74721 AT1G01170.1, AT1G01170.2

TSS clone T clone - 74720 AT1G01170.1, AT1G01170.2

TSS clone T clone - 74677 AT1G01170.1, AT1G01170.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	74731	AT1G01170.1, AT1G01170.2
TSS clone	`T`	clone	-	74730	AT1G01170.1, AT1G01170.2
TSS clone	`G`	clone	-	74721	AT1G01170.1, AT1G01170.2
TSS clone	`T`	clone	-	74720	AT1G01170.1, AT1G01170.2
TSS clone	`T`	clone	-	74677	AT1G01170.1, AT1G01170.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCC - 74725 74732 AT1G01170.1, AT1G01170.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	74725	74732	AT1G01170.1, AT1G01170.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCCCATTT - 74795 74802 AT1G01170.1, AT1G01170.2

AtREG386 GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif