version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G01730.1

Summary of Gene (AT1G01730.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G01730  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G01730.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 30 Blast hits to 30 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4; Fungi - 2; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 270002-271201)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G01730.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence











 
AT1G01725.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01730.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+270998-4

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+270913-89
TSS cloneTclone+270956-46
TSS cloneTclone+270970-32
TSS cloneAclone+270992-10
TSS cloneAclone+270999-3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTC+270966270973-36-29
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACGACAC+270825270834-177-168
 AtREG520AAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527  AACGACACDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGCCGTTTT+270862270870-140-132
 AtREG500TGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531 GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGATATGGGCCCAGAAAGGCCCAAAC+270883270906-119-96
 AtREG432ATATGGGC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391  ATGGGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422   TGGGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG363    GGGCCCAG             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG397     GGCCCAGA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG359            AAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353             AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356              AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373               GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG474                GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGGCGTCGTTTT+270923270935-79-67
 AtREG540ACGGCGTC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537  GGCGTCGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG439   GCGTCGTT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415    CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520     GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.