version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G01910.2

Summary of Gene (AT1G01910.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G01910  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G01910.2  
Description anion-transporting ATPase, putative; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: cellular metal ion homeostasis, anion transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, anion-transporting (InterPro:IPR003348); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: anion-transporting ATPase family protein (TAIR:AT5G60730.1); Has 1732 Blast hits to 1465 proteins in 458 species: Archae - 112; Bacteria - 1101; Metazoa - 115; Fungi - 90; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 255 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 316831-315632)

Genome position     
from initiation codon
AT1G01910.1         
AT1G01910.3         
AT1G01910.4         
AT1G01910.5         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G01910.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
AT1G01920.1         
AT1G01920.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01910.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10-315900-69

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-315902-71
TSS cloneTclone-315901-70
TSS cloneAclone-315900-69

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGAACCGG-315941315949-110-118
 AtREG640TTGAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480 TGAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTATGGGCTTAT-316082316092-251-261
 AtREG477TATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426  TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462   GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTGGGCTTTT-316094316103-263-272
 AtREG518GTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376 TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409  GGGCTTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTTAACCG-316162316169-331-338
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+316128AT1G01920.1, AT1G01920.2
TSS clone peakCclone+316172AT1G01920.1, AT1G01920.2
TSS cloneCclone+316177AT1G01920.1, AT1G01920.2
TSS cloneGclone+316187AT1G01920.1, AT1G01920.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCTCTCT+316151316158AT1G01920.1, AT1G01920.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGTTCAA+315941315949AT1G01920.1, AT1G01920.2
 AtREG480CCGGTTCA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG640 CGGTTCAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATAAGCCCATA+316082316092AT1G01920.1, AT1G01920.2
 AtREG462ATAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  AAGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477   AGCCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAAAAGCCCAC+316094316103AT1G01920.1, AT1G01920.2
 AtREG409AAAAGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG518  AAGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.