version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G01920.1

Summary of Gene (AT1G01920.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G01920  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G01920.1  
Description SET domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase oxygenase large subunit N-methyltransferase, putative (TAIR:AT1G14030.1); Has 423 Blast hits to 420 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 140; Fungi - 142; Plants - 99; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 42 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 315204-316403)

Genome position     
from initiation codon
AT1G01920.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G01920.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT1G01910.1         
AT1G01910.2         
AT1G01910.3         
AT1G01910.4         
AT1G01910.5         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01920.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+316128-76
TSS clone peakCclone+316172-32
TSS cloneCclone+316177-27
TSS cloneGclone+316187-17

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCTCTCT+316151316158-53-46
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGGTTCAA+315941315949-263-255
 AtREG480CCGGTTCA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG640 CGGTTCAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATAAGCCCATA+316082316092-122-112
 AtREG462ATAAGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  AAGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477   AGCCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAAAAGCCCAC+316094316103-110-101
 AtREG409AAAAGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG518  AAGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA10-315900AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-315902AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
TSS cloneTclone-315901AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
TSS cloneAclone-315900AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTGAACCGG-315941315949AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
 AtREG640TTGAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480 TGAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTATGGGCTTAT-316082316092AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
 AtREG477TATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426  TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462   GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGTGGGCTTTT-316094316103AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
 AtREG518GTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376 TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409  GGGCTTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTTAACCG-316162316169AT1G01910.1, AT1G01910.2, AT1G01910.3, AT1G01910.4, AT1G01910.5
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.