version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G02100.2

Summary of Gene (AT1G02100.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G02100  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G02100.2  
Description leucine carboxyl methyltransferase family protein; FUNCTIONS IN: methyltransferase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine carboxyl methyltransferase, LCTM1 1 (InterPro:IPR016651), Leucine carboxyl methyltransferase (InterPro:IPR007213); Has 455 Blast hits to 446 proteins in 152 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 165; Fungi - 191; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 388876-390075)

Genome position     
from initiation codon
AT1G02100.1         
AT1G02100.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G02100.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT1G02090.1         
AT1G02090.2         
AT1G02090.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02100.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+389873-3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+389816-60

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTTCTTCCTTC+389839389851-37-25
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTCCGGT+389585389592-291-284
 AtREG644TTTCCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTAATTGGGCTCA+389729389740-147-136
 AtREG600TAATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533   TTGGGCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485    TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTCTGGGCCAA+389753389762-123-114
 AtREG397TCTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 CTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484  TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAACCGCGT+389786389793-90-83
 AtREG441AACCGCGTDrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGAGCCCAAAC+389798389808-78-68
 AtREG485TGAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 GAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG474   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5-389650AT1G02090.2, AT1G02090.1, AT1G02090.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-389643AT1G02090.2, AT1G02090.1, AT1G02090.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATAAAAA-389671389680AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGAGCCCAATTA-389729389740AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
 AtREG485TGAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 GAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402  AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418   GCCCAATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600    CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTGGCCCAGA-389753389762AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
 AtREG484TTGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG397  GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGACGCGGTT-389786389793AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
 AtREG441ACGCGGTTDrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTTTGGGCTCA-389798389808AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
 AtREG474GTTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG469 TTTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533  TTGGGCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485   TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTCGTCGTT-389918389925AT1G02090.1, AT1G02090.2, AT1G02090.3
 AtREG648TCGTCGTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.