PlantPromoterDB promoter information of AT1G02360

Summary of Gene (AT1G02360)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02360 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02360
Description	chitinase, putative; FUNCTIONS IN: chitinase activity; INVOLVED IN: cell wall macromolecule catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: stem, leaf whorl, cotyledon, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chitinase, putative (TAIR:AT4G01700.1); Has 1395 Blast hits to 1389 proteins in 323 species: Archae - 0; Bacteria - 316; Metazoa - 35; Fungi - 2; Plants - 988; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 474116-472917)

`Genome position from initiation codon` `AT1G02360.1 TSS from cDNA TSS information AT1G02360 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02360

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 473140 -24

TSS clone peak T clone - 473139 -23

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	473140	-24
TSS clone peak	`T`	clone	-	473139	-23

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATCTATATAAC - 473166 473177 -50 -61

Y Patch TTCTCCTC - 473090 473097 26 19

Y Patch TCCCTCTCT - 473121 473129 -5 -13

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATCTATATAAC`	-	473166	473177	-50	-61
Y Patch	`TTCTCCTC`	-	473090	473097	26	19
Y Patch	`TCCCTCTCT`	-	473121	473129	-5	-13
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTAAAGTCAAAAGTCAA - 473195 473214 -79 -98

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG632 AAAGTCAAAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTAAAGTCAAAAGTCAA`		-	473195	473214	-79	-98
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG632	`AAAGTCAAAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None