PlantPromoterDB promoter information of AT1G02405.1

Summary of Gene (AT1G02405.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02405 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02405.1
Description	proline-rich family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: anchored to membrane; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline-rich family protein (TAIR:AT1G70990.1); Has 43114 Blast hits to 16780 proteins in 897 species: Archae - 84; Bacteria - 5479; Metazoa - 15161; Fungi - 3897; Plants - 10314; Viruses - 1979; Other Eukaryotes - 6200 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 491497-490298)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G02405.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G02410.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02405.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 490504 -7

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	490504	-7

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATATACAC - 490526 490536 -29 -39

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATATACAC`	-	490526	490536	-29	-39
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGGCCCAATAAAGCCCAAAT - 490749 490769 -252 -272

AtREG484 TTGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601         ATAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365          TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376           AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407            AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469             AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421              GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAGCCCATAT - 490773 490783 -276 -286

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGGCCCAATAAAGCCCAAAT`		-	490749	490769	-252	-272
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAGCCCATAT`		-	490773	490783	-276	-286
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 490875 AT1G02410.1

TSS clone peak T clone + 490928 AT1G02410.1

TSS clone T clone + 490944 AT1G02410.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	490875	AT1G02410.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	490928	AT1G02410.1
TSS clone	`T`	clone	+	490944	AT1G02410.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCCTCC + 490965 490972 AT1G02410.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCCTCC`	+	490965	490972	AT1G02410.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATTTGGGCTTTATTGGGCCAA + 490749 490769 AT1G02410.1

AtREG421 ATTTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417          TTATTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355           TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352            ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420             TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484              TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATATGGGCTTA + 490773 490783 AT1G02410.1

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AACCGACT + 490831 490838 AT1G02410.1

AtREG641 AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG TTGACTTT + 490885 490892 AT1G02410.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC