PlantPromoterDB promoter information of AT1G02660

Summary of Gene (AT1G02660)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02660 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02660
Description	lipase class 3 family protein; FUNCTIONS IN: triacylglycerol lipase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, class 3 (InterPro:IPR002921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipase class 3 family protein (TAIR:AT3G62590.1); Has 601 Blast hits to 595 proteins in 116 species: Archae - 0; Bacteria - 17; Metazoa - 188; Fungi - 136; Plants - 92; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 154 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 575746-574547)

`Genome position from initiation codon` `AT1G02660.1 TSS from cDNA TSS information AT1G02660 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02660

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 574981 -235

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	574981	-235

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 574981 -235

TSS clone T clone - 574980 -234

TSS clone T clone - 574947 -201

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	574981	-235
TSS clone	`T`	clone	-	574980	-234
TSS clone	`T`	clone	-	574947	-201

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTC - 574945 574954 -199 -208

Y Patch TCTCTCTC - 574964 574971 -218 -225

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	-	574945	574954	-199	-208
Y Patch	`TCTCTCTC`	-	574964	574971	-218	-225
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAACGACGACGT - 575154 575166 -408 -420

AtREG565 TAAACGAC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648   AACGACGA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG526      GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AACACGTGTT - 575200 575209 -454 -463

AtREG590 AACACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG GTGGGTCCCACGTGGG - 575212 575227 -466 -481

AtREG523 GTGGGTCC         PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC        ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG596   GGGTCCCA       PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG406    GGTCCCAC      PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG464       CCCACGTGGG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TAAGTCGG - 575265 575272 -519 -526

AtREG582 TAAGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAACGACGACGT`		-	575154	575166	-408	-420
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AACACGTGTT`		-	575200	575209	-454	-463
	AtREG590	`AACACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`GTGGGTCCCACGTGGG`		-	575212	575227	-466	-481
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG596	`GGGTCCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG406	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG464	`CCCACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`TAAGTCGG`		-	575265	575272	-519	-526
	AtREG582	`TAAGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None