PlantPromoterDB promoter information of AT1G02690

Summary of Gene (AT1G02690)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02690 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02690
Description	Putative importin alpha isoform. When overexpressed can rescue the impa-4 decreased transformation susceptibility phenotype.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 583397-584596)

`Genome position from initiation codon` `AT1G02690.1 AT1G02690.2 TSS from cDNA TSS information AT1G02690 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02690

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 584271 -126

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	584271	-126

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 584261 -136

TSS clone A clone + 584263 -134

TSS clone C clone + 584272 -125

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	584261	-136
TSS clone	`A`	clone	+	584263	-134
TSS clone	`C`	clone	+	584272	-125

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAATT + 584229 584238 -168 -159

Y Patch CGTCTTCTTC + 584278 584287 -119 -110

Y Patch TCTTCCTCT + 584289 584297 -108 -100

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAATT`	+	584229	584238	-168	-159
Y Patch	`CGTCTTCTTC`	+	584278	584287	-119	-110
Y Patch	`TCTTCCTCT`	+	584289	584297	-108	-100
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTGGGCCGATATTGGGCTAA + 584011 584031 -386 -366

AtREG449 GTTGGGCC              PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 TTGGGCCG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393   TGGGCCGA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555    GGGCCGAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG509          ATATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355           TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402            ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571              TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATAAAGCC + 584040 584047 -357 -350

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 584056 584063 -341 -334

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GTGGCAAT + 584148 584155 -249 -242

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CTAAGCCCAATAT + 584176 584188 -221 -209

AtREG634 CTAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509      CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTCACG + 584220 584227 -177 -170

AtREG489 ACGTCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTGGGCCGATATTGGGCTAA`		+	584011	584031	-386	-366
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATAAAGCC`		+	584040	584047	-357	-350
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		+	584056	584063	-341	-334
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GTGGCAAT`		+	584148	584155	-249	-242
	AtREG654	`GTGGCAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CTAAGCCCAATAT`		+	584176	584188	-221	-209
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGTCACG`		+	584220	584227	-177	-170
	AtREG489	`ACGTCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None