PlantPromoterDB promoter information of AT1G02813.1

Summary of Gene (AT1G02813.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02813 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02813.1
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: leaf whorl, sepal, cauline leaf, flower, seed; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF538 (InterPro:IPR007493); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G02360.1); Has 289 Blast hits to 288 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 288; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 620573-621772)

`Genome position from initiation codon` `AT1G02816.1 TSS from cDNA TSS information AT1G02813.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02813.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 619896 -877

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	619896	-877

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 621462 AT1G02816.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	621462	AT1G02816.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCCC + 621496 621505 AT1G02816.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCCC`	+	621496	621505	AT1G02816.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGCCCAAA + 621169 621176 AT1G02816.1

AtREG469 AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TATAGGCCTAT + 621199 621209 AT1G02816.1

AtREG487 TATAGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649 ATAGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAAGCCCATGGGCCTTAA + 621219 621238 AT1G02816.1

AtREG545 TTAAAGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG591       CCCATGGG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507      GCCCATGGGC      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504         CATGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354          ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353           TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351            GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416             GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGCCCAAAATTAGCCCAT + 621327 621346 AT1G02816.1

AtREG426 TAAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG571            TTAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581             TAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATGGGCTTA + 621394 621402 AT1G02816.1

AtREG378 ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATGACACGTGTCG + 621406 621418 AT1G02816.1

AtREG438 ATGACACG      ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389 TGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366   GACACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG478      ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC