PlantPromoterDB promoter information of AT1G02930

Summary of Gene (AT1G02930)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G02930 TAIR NCBI
Gene model	AT1G02930
Description	Encodes glutathione transferase belonging to the phi class of GSTs. Naming convention according to Wagner et al. (2002).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 663191-661992)

`Genome position from initiation codon` `AT1G02930.1 AT1G02940.1 TSS from cDNA TSS information AT1G02930 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G02930

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 662414 -223

TSS peak A 28 - 662266 -75

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	662414	-223
TSS peak	`A`	28	-	662266	-75

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 662266 -75

TSS clone T clone - 662265 -74

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	662266	-75
TSS clone	`T`	clone	-	662265	-74

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAATA - 662294 662303 -103 -112

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAATA`	-	662294	662303	-103	-112
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCGTTT - 662341 662348 -150 -157

AtREG524 CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 662428 662435 -237 -244

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GAAACGACGA - 662453 662462 -262 -271

AtREG576 GAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648   AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCACGCGG - 662535 662542 -344 -351

AtREG502 TCACGCGG Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCACGTGGAC - 662600 662611 -409 -420

AtREG547 ATCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG513     ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ATCCAACG - 662633 662640 -442 -449

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCGTTT`		-	662341	662348	-150	-157
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	662428	662435	-237	-244
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GAAACGACGA`		-	662453	662462	-262	-271
	AtREG576	`GAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCACGCGG`		-	662535	662542	-344	-351
	AtREG502	`TCACGCGG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCACGTGGAC`		-	662600	662611	-409	-420
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG408	`TCCACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG513	`ACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ATCCAACG`		-	662633	662640	-442	-449
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None