PlantPromoterDB promoter information of AT1G03430.1

Summary of Gene (AT1G03430.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G03430 TAIR NCBI
Gene model	AT1G03430.1
Description	Encodes AHP5, one of the six Arabidopsis thaliana histidine phosphotransfer proteins (AHPs). AHPs function as redundant positive regulators of cytokinin signaling. Members of the AHP gene family include: AT3G21510 (AHP1), AT3G29350 (AHP2), AT5G39340 (AHP3), AT3G16360 (AHP4), AT1G03430 (AHP5) and AT1G80100 (AHP6).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 847159-848358)

`Genome position from initiation codon` `AT1G03420.1 TSS from cDNA TSS information AT1G03430.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G03410.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G03430.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 847871 -288

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	847871	-288

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 847875 -284

TSS clone A clone + 847876 -283

TSS clone T clone + 847914 -245

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	847875	-284
TSS clone	`A`	clone	+	847876	-283
TSS clone	`T`	clone	+	847914	-245

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTC + 847912 847919 -247 -240

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTC`	+	847912	847919	-247	-240
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTCCGGT + 847596 847603 -563 -556

AtREG644 TTTCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GGGCCTAAGCCCAATTGGG + 847648 847666 -511 -493

AtREG360 GGGCCTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563 GGCCTAAG           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG634     CTAAGCCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426      TAAGCCCA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407       AAGCCCAA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402        AGCCCAAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418         GCCCAATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG647          CCCAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CACCCCAC + 847759 847766 -400 -393

AtREG618 CACCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTCCGGT`		+	847596	847603	-563	-556
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GGGCCTAAGCCCAATTGGG`		+	847648	847666	-511	-493
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG647	`CCCAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACCCCAC`		+	847759	847766	-400	-393
	AtREG618	`CACCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None