PlantPromoterDB promoter information of AT1G03730.1

Summary of Gene (AT1G03730.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G03730 TAIR NCBI
Gene model	AT1G03730.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G03600.1); Has 27 Blast hits to 27 proteins in 5 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 27; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 932520-931321)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G03730.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G03730.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 931654 -134

TSS peak A 5 - 931603 -83

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	931654	-134
TSS peak	`A`	5	-	931603	-83

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT - 931615 931651 -95 -131

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT`	-	931615	931651	-95	-131
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACACGCGCTT - 931725 931734 -205 -214

AtREG385 ACACGCGC   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG492   ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AAGCGCGTGT - 931770 931779 -250 -259

AtREG492 AAGCGCGT   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG385   GCGCGTGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACACGCGCTT`		-	931725	931734	-205	-214
	AtREG385	`ACACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGTGT`		-	931770	931779	-250	-259
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG385	`GCGCGTGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None