PlantPromoterDB promoter information of AT1G04020.1

Summary of Gene (AT1G04020.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G04020 TAIR NCBI
Gene model	AT1G04020.1
Description	Encodes a protein containing two tandem BRCA1 C-Terminal (BRCT) domains, which function in phosphorylation-dependent protein–protein interactions.Loss of function mutations cause defects in meristem organization due to failure to repress WUS. BARD1 binds to WUS promoter and over expression of BARD reduces the extent of WUS expression.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1035610-1036809)

`Genome position from initiation codon` `AT1G04020.2 TSS from cDNA TSS information AT1G04020.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G04010.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04020.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 1036539 -71

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	1036539	-71

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCCTTCTCTTCTC + 1036545 1036562 -65 -48

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCCTTCTCTTCTC`	+	1036545	1036562	-65	-48
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATACCCTTA + 1036270 1036278 -340 -332

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG AAATGGGCTTTTAATTGGGCCTTTG + 1036335 1036359 -275 -251

AtREG386 AAATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG600            TAATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418             AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352              ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356               TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353                TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359                 GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG656                  GGCCTTTG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTACACGTGTCT + 1036481 1036492 -129 -118

AtREG562 GTACACGT     ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG453 TACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366    CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG470     ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATACCCTTA`		+	1036270	1036278	-340	-332
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCTTTTAATTGGGCCTTTG`		+	1036335	1036359	-275	-251
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG656	`GGCCTTTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTACACGTGTCT`		+	1036481	1036492	-129	-118
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG470	`ACGTGTCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 - 1036209 AT1G04010.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	-	1036209	AT1G04010.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 1036237 AT1G04010.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1036237	AT1G04010.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCCTCCT - 1036167 1036175 AT1G04010.1

Y Patch CTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTT - 1036179 1036200 AT1G04010.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCCTCCT`	-	1036167	1036175	AT1G04010.1
Y Patch	`CTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTT`	-	1036179	1036200	AT1G04010.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAGGGTAT - 1036270 1036278 AT1G04010.1

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG CAAAGGCCCAATTAAAAGCCCATTT - 1036335 1036359 AT1G04010.1

AtREG656 CAAAGGCC                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418      GCCCAATT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600       CCCAATTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549             TAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409              AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376               AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                 AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                  GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGACACGTGTAC - 1036481 1036492 AT1G04010.1

AtREG470 AGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG453    CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG562     ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG