PlantPromoterDB promoter information of AT1G04070.1

Summary of Gene (AT1G04070.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G04070 TAIR NCBI
Gene model	AT1G04070.1
Description	Subunit of the TOM complex, a translocase in the outer mitochondrial membrane that selectively allows proteins with a mitochondrial targeting sequence to enter the mitochondrion.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1052116-1050917)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G04070.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G04080.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04070.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 1051179 -63

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	1051179	-63

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 1051167 -51

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1051167	-51

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTC - 1051132 1051139 -16 -23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTC`	-	1051132	1051139	-16	-23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAATGGGCCTAC - 1051232 1051245 -116 -129

AtREG604 CTTAATGG       PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG435       GGGCCTAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAATGGG - 1051257 1051264 -141 -148

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGTTA - 1051267 1051275 -151 -159

AtREG401 GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399 GCCCGTTA PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAATGGGCCTAC`		-	1051232	1051245	-116	-129
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG435	`GGGCCTAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TAAATGGG`		-	1051257	1051264	-141	-148
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCCGTTA`		-	1051267	1051275	-151	-159
	AtREG401	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG399	`GCCCGTTA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 + 1051371 AT1G04080.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	+	1051371	AT1G04080.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 1051371 AT1G04080.1

TSS clone A clone + 1051378 AT1G04080.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	1051371	AT1G04080.1
TSS clone	`A`	clone	+	1051378	AT1G04080.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTCTTC + 1051355 1051364 AT1G04080.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTCTTC`	+	1051355	1051364	AT1G04080.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCTTTAA + 1051210 1051217 AT1G04080.1

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG GTAGGCCCATTAAG + 1051232 1051245 AT1G04080.1

AtREG435 GTAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CCCATTTA + 1051257 1051264 AT1G04080.1

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAACGGGCC + 1051267 1051275 AT1G04080.1

AtREG399 TAACGGGC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG401 AACGGGCC PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC