PlantPromoterDB promoter information of AT1G04080.1

Summary of Gene (AT1G04080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G04080 TAIR NCBI
Gene model	AT1G04080.1
Description	PRP39; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA-processing protein, HAT helix (InterPro:IPR003107), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PRP39-2 (TAIR:AT5G46400.1); Has 3312 Blast hits to 2661 proteins in 380 species: Archae - 0; Bacteria - 496; Metazoa - 1500; Fungi - 623; Plants - 264; Viruses - 71; Other Eukaryotes - 358 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1050803-1052002)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G04080.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G04070.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 1051371 -432

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	1051371	-432

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 1051371 -432

TSS clone A clone + 1051378 -425

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	1051371	-432
TSS clone	`A`	clone	+	1051378	-425

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTCTTC + 1051355 1051364 -448 -439

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTCTTC`	+	1051355	1051364	-448	-439
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTAA + 1051210 1051217 -593 -586

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG GTAGGCCCATTAAG + 1051232 1051245 -571 -558

AtREG435 GTAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CCCATTTA + 1051257 1051264 -546 -539

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAACGGGCC + 1051267 1051275 -536 -528

AtREG399 TAACGGGC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG401 AACGGGCC PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTAA`		+	1051210	1051217	-593	-586
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTAGGCCCATTAAG`		+	1051232	1051245	-571	-558
	AtREG435	`GTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CCCATTTA`		+	1051257	1051264	-546	-539
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAACGGGCC`		+	1051267	1051275	-536	-528
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG401	`AACGGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 1051179 AT1G04070.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	1051179	AT1G04070.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 1051167 AT1G04070.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1051167	AT1G04070.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTC - 1051132 1051139 AT1G04070.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTC`	-	1051132	1051139	AT1G04070.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTTAATGGGCCTAC - 1051232 1051245 AT1G04070.1

AtREG604 CTTAATGG       PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG435       GGGCCTAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAATGGG - 1051257 1051264 AT1G04070.1

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGTTA - 1051267 1051275 AT1G04070.1

AtREG401 GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399 GCCCGTTA PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR