PlantPromoterDB promoter information of AT1G04270.1

Summary of Gene (AT1G04270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G04270 TAIR NCBI
Gene model	AT1G04270.1
Description	Encodes cytosolic ribosomal protein S15.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1143960-1142761)

`Genome position from initiation codon` `AT1G04270.2 AT1G04280.1 TSS from cDNA TSS information AT1G04270.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 64 - 1143040 -80

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	64	-	1143040	-80

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 1143051 -91

TSS clone T clone - 1143050 -90

TSS clone T clone - 1143044 -84

TSS clone C clone - 1143043 -83

TSS clone C clone - 1143039 -79

TSS clone A clone - 1143038 -78

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1143051	-91
TSS clone	`T`	clone	-	1143050	-90
TSS clone	`T`	clone	-	1143044	-84
TSS clone	`C`	clone	-	1143043	-83
TSS clone	`C`	clone	-	1143039	-79
TSS clone	`A`	clone	-	1143038	-78

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATATATAAT - 1143074 1143085 -114 -125

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATATATAAT`	-	1143074	1143085	-114	-125
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTTGGGCCGA - 1143121 1143131 -161 -171

AtREG607 AGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG449 GTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATTTGGGCTTT - 1143142 1143152 -182 -192

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TGGGCTTA - 1143184 1143191 -224 -231

AtREG426 TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTATTGGG - 1143203 1143210 -243 -250

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACGTGTCAC - 1143216 1143225 -256 -265

AtREG557 TACGTGTC   ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG389 ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498   CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TGGGCCCACA - 1143255 1143264 -295 -304

AtREG422 TGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG612   GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CGTTTTGA - 1143284 1143291 -324 -331

AtREG653 CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTTGGGCCGA`		-	1143121	1143131	-161	-171
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`ATTTGGGCTTT`		-	1143142	1143152	-182	-192
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TGGGCTTA`		-	1143184	1143191	-224	-231
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTATTGGG`		-	1143203	1143210	-243	-250
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TACGTGTCAC`		-	1143216	1143225	-256	-265
	AtREG557	`TACGTGTC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG498	`CGTGTCAC`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGGGCCCACA`		-	1143255	1143264	-295	-304
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG612	`GGCCCACA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CGTTTTGA`		-	1143284	1143291	-324	-331
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None