version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G04680

Summary of Gene (AT1G04680)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G04680  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G04680  
Description pectate lyase family protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, pectate lyase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectate lyase family protein (TAIR:AT4G13710.1); Has 926 Blast hits to 921 proteins in 162 species: Archae - 0; Bacteria - 377; Metazoa - 0; Fungi - 139; Plants - 402; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1302530-1301331)

Genome position     
from initiation codon
AT1G04660.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G04680                        5'->3' (-)
Promoter sequence







 
AT1G04670.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04680

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA51-1307882-102

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-1307882-102
TSS cloneCclone-1307881-101
TSS cloneCclone-1307875-95
TSS cloneGclone-1307873-93
TSS cloneTclone-1307872-92
TSS cloneCclone-1307871-91
TSS cloneTclone-1307870-90
TSS cloneAclone-1307866-86
TSS cloneTclone-1307858-78
TSS cloneGclone-1307835-55

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTCTATAAG-13079081307916-128-136
Y PatchCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCT-13078361307856-56-76
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGTCGT-13079501307957-170-177
 AtREG599GGTGTCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGACGACGTCGT-13079971308007-217-227
 AtREG526GACGACGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431 ACGACGTCGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2-1301365AT1G04660.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-1301366AT1G04660.1
TSS cloneAclone-1301365AT1G04660.1
TSS cloneAclone-1301364AT1G04660.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTGCTATATAAACC-13013891301402AT1G04660.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.