PlantPromoterDB promoter information of AT1G04800

Summary of Gene (AT1G04800)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G04800 TAIR NCBI
Gene model	AT1G04800
Description	glycine-rich protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; Has 100341 Blast hits to 23884 proteins in 1440 species: Archae - 160; Bacteria - 31051; Metazoa - 31586; Fungi - 6910; Plants - 10047; Viruses - 1434; Other Eukaryotes - 19153 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1350237-1349038)

`Genome position from initiation codon` `AT1G04800.1 TSS from cDNA TSS information AT1G04800 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G04810.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G04800

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 26 - 1349305 -68

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	26	-	1349305	-68

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 1349302 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	1349302	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTCTATATATATAC - 1349328 1349341 -91 -104

Y Patch TCTCTCTCT - 1349344 1349352 -107 -115

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTCTATATATATAC`	-	1349328	1349341	-91	-104
Y Patch	`TCTCTCTCT`	-	1349344	1349352	-107	-115
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTTGGGC - 1349487 1349494 -250 -257

AtREG607 AGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTTGGGC`		-	1349487	1349494	-250	-257
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 1350200 AT1G04810.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	1350200	AT1G04810.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 1350180 AT1G04810.1

TSS clone G clone + 1350190 AT1G04810.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	1350180	AT1G04810.1
TSS clone	`G`	clone	+	1350190	AT1G04810.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTATGGGCCG + 1349962 1349971 AT1G04810.1

AtREG394 TTATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TGGCCCATCA + 1350008 1350017 AT1G04810.1

AtREG490 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403 GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG635   GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGGTATT + 1350107 1350114 AT1G04810.1

AtREG614 GGGGTATT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif