PlantPromoterDB promoter information of AT1G05070.1

Summary of Gene (AT1G05070.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G05070 TAIR NCBI
Gene model	AT1G05070.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1068 (InterPro:IPR010471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G32580.1); Has 55 Blast hits to 55 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 52; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1459531-1458332)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G05070.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G05080.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G05070.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 1458697 -166

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	1458697	-166

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 1458718 -187

TSS clone A clone - 1458697 -166

TSS clone G clone - 1458681 -150

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1458718	-187
TSS clone	`A`	clone	-	1458697	-166
TSS clone	`G`	clone	-	1458681	-150

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAAACCG - 1458799 1458806 -268 -275

AtREG550 CCAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACCA - 1458819 1458828 -288 -297

AtREG556 AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655   CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAGGCCCAAAC - 1458875 1458887 -344 -356

AtREG656 CAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474      GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAGCCC - 1458923 1458930 -392 -399

AtREG365 TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTAAA - 1458961 1458968 -430 -437

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGGCCCAACCGGTTC - 1458975 1458990 -444 -459

AtREG457 CCGGCCCA         CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 CGGCCCAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449   GGCCCAAC       PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG528         ACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAAACCG`		-	1458799	1458806	-268	-275
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACCA`		-	1458819	1458828	-288	-297
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAGGCCCAAAC`		-	1458875	1458887	-344	-356
	AtREG656	`CAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAGCCC`		-	1458923	1458930	-392	-399
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCTAAA`		-	1458961	1458968	-430	-437
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCGGCCCAACCGGTTC`		-	1458975	1458990	-444	-459
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None