PlantPromoterDB promoter information of AT1G05340

Summary of Gene (AT1G05340)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G05340 TAIR NCBI
Gene model	AT1G05340
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G32210.1); Has 122 Blast hits to 122 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 16; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1560646-1559447)

`Genome position from initiation codon` `AT1G05340.1 TSS from cDNA TSS information AT1G05340 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G05340

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 1559758 -112

TSS clone peak A clone - 1559756 -110

TSS clone T clone - 1559755 -109

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1559758	-112
TSS clone peak	`A`	clone	-	1559756	-110
TSS clone	`T`	clone	-	1559755	-109

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATATATT - 1559784 1559795 -138 -149

Y Patch TCTTTCTCT - 1559791 1559799 -145 -153

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATATATT`	-	1559784	1559795	-138	-149
Y Patch	`TCTTTCTCT`	-	1559791	1559799	-145	-153
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAACCGACT - 1559822 1559832 -176 -186

AtREG598 ATAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG641    AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ACGCGGTT - 1559836 1559843 -190 -197

AtREG441 ACGCGGTT Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAAGCCC - 1559989 1559997 -343 -351

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAACCGACT`		-	1559822	1559832	-176	-186
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`ACGCGGTT`		-	1559836	1559843	-190	-197
	AtREG441	`ACGCGGTT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAAGCCC`		-	1559989	1559997	-343	-351
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None