PlantPromoterDB promoter information of AT1G05360.1

Summary of Gene (AT1G05360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G05360 TAIR NCBI
Gene model	AT1G05360.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G14950.1); Has 269 Blast hits to 262 proteins in 95 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 157; Fungi - 0; Plants - 37; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 1563816-1565015)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G05360.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G05350.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G05360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 1564598 -218

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	1564598	-218

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGCCACG + 1564318 1564325 -498 -491

AtREG560 CCGCCACG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

REG CAATGGGCCAA + 1564385 1564395 -431 -421

AtREG551 CAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TGTCACGT + 1564476 1564483 -340 -333

AtREG606 TGTCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ATGACACGTGGT + 1564490 1564501 -326 -315

AtREG438 ATGACACG     ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389 TGACACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366   GACACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG382    ACACGTGG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG544     CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GAACCGGTTTAT + 1564509 1564520 -307 -296

AtREG528 GAACCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412    CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598     CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATAACCGGTAAACCGAA + 1564523 1564539 -293 -277

AtREG548 ATAACCGG          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503 TAACCGGT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG519        GTAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514         TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568          AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGCCACG`		+	1564318	1564325	-498	-491
	AtREG560	`CCGCCACG`	ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CAATGGGCCAA`		+	1564385	1564395	-431	-421
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TGTCACGT`		+	1564476	1564483	-340	-333
	AtREG606	`TGTCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ATGACACGTGGT`		+	1564490	1564501	-326	-315
	AtREG438	`ATGACACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG366	`GACACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG544	`CACGTGGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GAACCGGTTTAT`		+	1564509	1564520	-307	-296
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATAACCGGTAAACCGAA`		+	1564523	1564539	-293	-277
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG519	`GTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 1564078 AT1G05350.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	1564078	AT1G05350.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCCC - 1564052 1564061 AT1G05350.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCCC`	-	1564052	1564061	AT1G05350.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGGCCCAGT - 1564209 1564218 AT1G05350.1

AtREG353 AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410 AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384   GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CTAATGGGCTATT - 1564222 1564234 AT1G05350.1

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581    ATGGGCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584      GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTGACA - 1564268 1564275 AT1G05350.1

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CGTGGCGG - 1564318 1564325 AT1G05350.1

AtREG560 CGTGGCGG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC