PlantPromoterDB promoter information of AT1G07010.1

Summary of Gene (AT1G07010.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G07010 TAIR NCBI
Gene model	AT1G07010.1
Description	calcineurin-like phosphoesterase family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcineurin-like phosphoesterase family protein (TAIR:AT1G18480.1).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2151949-2153148)

`Genome position from initiation codon` `AT1G07010.2 AT1G07010.3 TSS from cDNA TSS information AT1G07010.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G07000.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G07010.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 2152921 -28

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	2152921	-28

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 2152939 -10

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2152939	-10

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGGGCTTTA + 2152663 2152672 -286 -277

AtREG407 TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376 TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365   GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGCCCAATG + 2152674 2152684 -275 -265

AtREG437 ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461    GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGAGGCCCAATT + 2152728 2152739 -221 -210

AtREG411 AGAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGGGCTTTA`		+	2152663	2152672	-286	-277
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCAATG`		+	2152674	2152684	-275	-265
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGAGGCCCAATT`		+	2152728	2152739	-221	-210
	AtREG411	`AGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 2152496 AT1G07000.1

TSS clone A clone - 2152366 AT1G07000.1

TSS clone peak T clone - 2152365 AT1G07000.1

TSS clone A clone - 2152315 AT1G07000.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	2152496	AT1G07000.1
TSS clone	`A`	clone	-	2152366	AT1G07000.1
TSS clone peak	`T`	clone	-	2152365	AT1G07000.1
TSS clone	`A`	clone	-	2152315	AT1G07000.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGGCAC - 2152491 2152498 AT1G07000.1

AtREG444 CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ACGCGGTT - 2152580 2152587 AT1G07000.1

AtREG441 ACGCGGTT Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCGGCCCATAA - 2152615 2152626 AT1G07000.1

AtREG555 ATCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif