PlantPromoterDB promoter information of AT1G07170.1

Summary of Gene (AT1G07170.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G07170 TAIR NCBI
Gene model	AT1G07170.1
Description	LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PHF5-like (InterPro:IPR005345); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G30000.1); Has 292 Blast hits to 292 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 110; Fungi - 75; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2199686-2200885)

`Genome position from initiation codon` `AT1G07170.2 TSS from cDNA TSS information AT1G07170.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G07160.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G07170.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 2200135 -551

TSS clone peak G clone + 2200157 -529

TSS clone G clone + 2200159 -527

TSS clone G clone + 2200160 -526

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	2200135	-551
TSS clone peak	`G`	clone	+	2200157	-529
TSS clone	`G`	clone	+	2200159	-527
TSS clone	`G`	clone	+	2200160	-526

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTCTTCTTCT + 2200191 2200204 -495 -482

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTCTTCTTCT`	+	2200191	2200204	-495	-482
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGACTTT + 2199893 2199900 -793 -786

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAGTCAAATAAGGCC + 2199994 2200009 -692 -677

AtREG632 AAAGTCAA         PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

AtREG425         ATAAGGCC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAAAGCCCATCA + 2200040 2200052 -646 -634

AtREG589 AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635      GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCTTTAA + 2200058 2200065 -628 -621

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAGCCCATATTAAGTCGG + 2200071 2200088 -615 -598

AtREG581 TAGCCCAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477 AGCCCATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432   GCCCATAT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG582           TAAGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG AACCCGAC + 2200108 2200115 -578 -571

AtREG580 AACCCGAC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGACTTT`		+	2199893	2199900	-793	-786
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`AAAGTCAAATAAGGCC`		+	2199994	2200009	-692	-677
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCCCATCA`		+	2200040	2200052	-646	-634
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCTTTAA`		+	2200058	2200065	-628	-621
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAGCCCATATTAAGTCGG`		+	2200071	2200088	-615	-598
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG582	`TAAGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`AACCCGAC`		+	2200108	2200115	-578	-571
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None