PlantPromoterDB promoter information of AT1G07200.2

Summary of Gene (AT1G07200.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G07200 TAIR NCBI
Gene model	AT1G07200.2
Description	ATP-dependent Clp protease ClpB protein-related; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock protein-related (TAIR:AT2G29970.1); Has 8745 Blast hits to 8618 proteins in 1498 species: Archae - 9; Bacteria - 6193; Metazoa - 69; Fungi - 201; Plants - 318; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1955 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2215266-2214067)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G07200.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G07210.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G07200.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 2212373 -57

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	2212373	-57

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 2212546 -230

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2212546	-230

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTTT - 2212427 2212434 -111 -118

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTTT`		-	2212427	2212434	-111	-118
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 2215238 AT1G07210.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	2215238	AT1G07210.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 2215228 AT1G07210.1

TSS clone G clone + 2215236 AT1G07210.1

TSS clone T clone + 2215239 AT1G07210.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2215228	AT1G07210.1
TSS clone	`G`	clone	+	2215236	AT1G07210.1
TSS clone	`T`	clone	+	2215239	AT1G07210.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTCAT + 2215215 2215224 AT1G07210.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTCAT`	+	2215215	2215224	AT1G07210.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCAGCCCATTAT + 2215073 2215084 AT1G07210.1

AtREG609 TCAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546     CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTTAC + 2215097 2215104 AT1G07210.1

AtREG530 GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAATGGGCCTGG + 2215137 2215149 AT1G07210.1

AtREG443 TAAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619      GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTAAAGGCCTTAT + 2215168 2215180 AT1G07210.1

AtREG639 TTAAAGGC      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425      GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGAGCCCATTAT + 2215182 2215193 AT1G07210.1

AtREG485 TGAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546     CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif