version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G07830.1

Summary of Gene (AT1G07830.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G07830  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G07830.1  
Description ribosomal protein L29 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: mitochondrion, ribosome, mitochondrial ribosome, intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L47, mitochondrial (InterPro:IPR010729), Ribosomal protein L29 (InterPro:IPR001854); Has 236 Blast hits to 236 proteins in 132 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 93; Fungi - 80; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2421549-2422748)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G07830.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT1G07820.1         
AT1G07820.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G07830.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakT4+2422324-225

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+2422241-308
TSS cloneTclone+2422292-257
TSS cloneAclone+2422298-251

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCCTCTCTCT+24223322422344-217-205
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGATGACGTGGAT+24220632422074-486-475
 AtREG578GATGACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG483 ATGACGTG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419  TGACGTGG   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG547    ACGTGGATABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGATTAGGCCTTAA+24221652422176-384-373
 AtREG506ATTAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG416    GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGGCCCAATAA+24221932422203-356-346
 AtREG420TGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352 GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355  GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417   CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTATTGGGCCCTA+24222282422239-321-310
 AtREG355TATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400   TGGGCCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG387    GGGCCCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-2421944AT1G07820.1, AT1G07820.2
TSS clone peakCclone-2421943AT1G07820.1, AT1G07820.2
TSS clone peakGclone-2421941AT1G07820.1, AT1G07820.2
TSS cloneTclone-2421940AT1G07820.1, AT1G07820.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATATATT-24219692421978AT1G07820.1, AT1G07820.2
Y PatchTCTTCTTCTTCT-24218882421899AT1G07820.1, AT1G07820.2
Y PatchTCCTCTCTCC-24219172421926AT1G07820.1, AT1G07820.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATCCACGTCATC-24220632422074AT1G07820.1, AT1G07820.2
 AtREG547ATCCACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419  CCACGTCA   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG483   CACGTCAT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG578    ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTTAAGGCCTAAT-24221652422176AT1G07820.1, AT1G07820.2
 AtREG416TTAAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG506    GGCCTAAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATTGGGCCA-24221932422203AT1G07820.1, AT1G07820.2
 AtREG417TTATTGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGGGCCCAATA-24222282422237AT1G07820.1, AT1G07820.2
 AtREG392GGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352 GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355  GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.