version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G07950.1

Summary of Gene (AT1G07950.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G07950  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G07950.1  
Description surfeit locus protein 5 family protein / SURF5 family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Surfeit locus 5 (InterPro:IPR009332); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: surfeit locus protein 5 family protein / SURF5 family protein (TAIR:AT1G16430.1); Has 181 Blast hits to 181 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 139; Fungi - 8; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2467982-2466783)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G07950.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence










 
AT1G07960.1         
AT1G07960.2         
AT1G07960.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence










 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G07950.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-2467032-50

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-2466989-7

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTC-24670112467018-29-36
Y PatchTCTTCTTCC-24670402467048-58-66
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAGGCCCAATA-24670812467093-99-111
 AtREG430TTTAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360 TTAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAGCCCATTA-24670952467105-113-123
 AtREG426TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357   GCCCATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+2467188AT1G07960.2, AT1G07960.3, AT1G07960.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+2467161AT1G07960.2, AT1G07960.3, AT1G07960.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCTCTCTTTCTTCT+24671722467187AT1G07960.1, AT1G07960.2, AT1G07960.3
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGTTGGA+24669282466935AT1G07960.1, AT1G07960.2, AT1G07960.3
 AtREG554CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGTATTGGGCCTAAA+24670812467093AT1G07960.1, AT1G07960.2, AT1G07960.3
 AtREG355TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360    GGGCCTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG430     GGCCTAAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAATGGGCTTA+24670952467105AT1G07960.1, AT1G07960.2, AT1G07960.3
 AtREG357TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372 AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426   TGGGCTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.