PlantPromoterDB promoter information of AT1G08640.1

Summary of Gene (AT1G08640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G08640 TAIR NCBI
Gene model	AT1G08640.1
Description	unknown protein; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; Has 54 Blast hits to 54 proteins in 19 species: Archae - 0; Bacteria - 17; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 29; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2752209-2751010)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G08640.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G08650.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G08640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 2751228 -19

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	2751228	-19

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 2751244 -35

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	2751244	-35

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATTGGGCCAC - 2751335 2751345 -126 -136

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG445    TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

REG CGAACCGA - 2751378 2751385 -169 -176

AtREG575 CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AGTTGGGCTGA - 2751434 2751444 -225 -235

AtREG607 AGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574 GTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG609    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATTGGGCCGAT - 2751450 2751460 -241 -251

AtREG352 ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393   TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555    GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATTGGGCCAC`		-	2751335	2751345	-126	-136
	AtREG461	`CATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG445	`TGGGCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
REG	`CGAACCGA`		-	2751378	2751385	-169	-176
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AGTTGGGCTGA`		-	2751434	2751444	-225	-235
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATTGGGCCGAT`		-	2751450	2751460	-241	-251
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 61 + 2752161 AT1G08650.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	61	+	2752161	AT1G08650.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 2752156 AT1G08650.1

TSS clone C clone + 2752162 AT1G08650.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2752156	AT1G08650.1
TSS clone	`C`	clone	+	2752162	AT1G08650.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GCTATAAAAA + 2752117 2752126 AT1G08650.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GCTATAAAAA`	+	2752117	2752126	AT1G08650.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None