PlantPromoterDB promoter information of AT1G08710.2

Summary of Gene (AT1G08710.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G08710 TAIR NCBI
Gene model	AT1G08710.2
Description	F-box family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; Has 80 Blast hits to 80 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 47; Fungi - 2; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2770720-2771919)

`Genome position from initiation codon` `AT1G08710.1 TSS from cDNA TSS information AT1G08710.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G08700.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G08710.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 16 + 2771712 -8

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	16	+	2771712	-8

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 2771710 -10

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2771710	-10

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAAGCCCAAAA + 2771504 2771516 -216 -204

AtREG545 TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469     AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529      GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCATTAGGCCCAATAA + 2771542 2771560 -178 -160

AtREG372 AGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558   CCCATTAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506      ATTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360       TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358        TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356         AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352          GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355           GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417            CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCGGTTT + 2771617 2771624 -103 -96

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAAGCCCAAAA`		+	2771504	2771516	-216	-204
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCATTAGGCCCAATAA`		+	2771542	2771560	-178	-160
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTCGGTTT`		+	2771617	2771624	-103	-96
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 2771431 AT1G08700.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	2771431	AT1G08700.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 2771477 AT1G08700.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2771477	AT1G08700.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTCCTCTCGTCTTCTTCCTCT - 2771399 2771424 AT1G08700.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTCCTCTCGTCTTCTTCCTCT`	-	2771399	2771424	AT1G08700.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTTGGGCTTTAA - 2771504 2771516 AT1G08700.1

AtREG529 TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545      GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATTGGGCCTAATGGGCT - 2771542 2771560 AT1G08700.1

AtREG417 TTATTGGG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558          CTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357           TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372            AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAACCGAA - 2771617 2771624 AT1G08700.1

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif