version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G08920.2

Summary of Gene (AT1G08920.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G08920  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G08920.2  
Description sugar transporter, putative; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Phosphopantetheine attachment site (InterPro:IPR006162), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ERD6 (EARLY RESPONSE TO DEHYDRATION 6); carbohydrate transmembrane transporter/ sugar transmembrane transporter/ sugar:hydrogen symporter (TAIR:AT1G08930.2); Has 14684 Blast hits to 14344 proteins in 1042 species: Archae - 183; Bacteria - 4689; Metazoa - 3670; Fungi - 3962; Plants - 1292; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 888 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2881946-2883145)

Genome position     
from initiation codon
AT1G08960.1         
AT1G08970.1         
AT1G08970.2         
AT1G08970.3         
AT1G08970.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G08920.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G08920.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+2867268-178
TSS clone peakTclone+2867352-94

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATAAATC+28673202867329-126-117
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGTGACA+28672572867264-189-182
 AtREG606ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakT4+2882565AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+2882524AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882526AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882531AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882532AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882544AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCTCCTC+28825342882542AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAGCCCAATG+28824632882474AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG462ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGACACC+28824812882488AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.