version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G08930.2

Summary of Gene (AT1G08930.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G08930  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G08930.2  
Description encodes a putative sucrose transporter whose gene expression is induced by dehydration and cold.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2882404-2883603)

Genome position     
from initiation codon
AT1G08970.1         
AT1G08970.2         
AT1G08970.3         
AT1G08970.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G08930.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G08930.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+2873482-122

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+2873465-139
TSS cloneAclone+2873494-110
TSS cloneAclone+2873547-57
TSS cloneAclone+2873548-56

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCTT+28734962873503-108-101
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATGACGTGT+28733852873393-219-211
 AtREG483ATGACGTG  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517 TGACGTGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakT4+2882565AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+2882524AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882526AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882531AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882532AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882544AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCTCCTC+28825342882542AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAGCCCAATG+28824632882474AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG462ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGACACC+28824812882488AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGGCCTGT+28834692883476AT1G08980.1
 AtREG433GGGCCTGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.