version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G08950.1

Summary of Gene (AT1G08950.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus   TAIR      NCBI 
Gene model AT1G08950.1  
Description tRNA-Pro (anticodon: AGG)  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2882603-2881404)

Genome position     
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G08950.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G08960.1         
AT1G08970.1         
AT1G08970.2         
AT1G08970.3         
AT1G08970.4         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G08950.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakT4+2882565AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+2882524AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882526AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882531AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneAclone+2882532AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2
TSS cloneTclone+2882544AT1G08970.4, AT1G08970.1, AT1G08970.3, AT1G08970.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCTCCTC+28825342882542AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAGCCCAATG+28824632882474AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG462ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGACACC+28824812882488AT1G08970.1, AT1G08970.2, AT1G08970.3, AT1G08970.4
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.