PlantPromoterDB promoter information of AT1G09200

Summary of Gene (AT1G09200)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G09200 TAIR NCBI
Gene model	AT1G09200
Description	histone H3; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, chloroplast, nucleosome; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone H3 (TAIR:AT5G65360.1); Has 10220 Blast hits to 10217 proteins in 5279 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7338; Fungi - 1307; Plants - 999; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 576 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2973132-2971933)

`Genome position from initiation codon` `AT1G09200.1 AT1G09210.1 TSS from cDNA TSS information AT1G09200 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09200

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 2973090 -958

TSS peak A 10 - 2972199 -67

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	2973090	-958
TSS peak	`A`	10	-	2972199	-67

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 2972199 -67

TSS clone T clone - 2972198 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2972199	-67
TSS clone	`T`	clone	-	2972198	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTCAT - 2972176 2972186 -44 -54

Y Patch CCTTCCTC - 2972214 2972221 -82 -89

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTCAT`	-	2972176	2972186	-44	-54
Y Patch	`CCTTCCTC`	-	2972214	2972221	-82	-89
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTCACGCGG - 2972349 2972357 -217 -225

AtREG631 TTCACGCG Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG502 TCACGCGG Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCACGCGG - 2972420 2972428 -288 -296

AtREG631 TTCACGCG Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG502 TCACGCGG Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG TAATGGGCTTG - 2972489 2972499 -357 -367

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTAAGGCC - 2973383 2973390 -1251 -1258

AtREG577 CTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTCACGCGG`		-	2972349	2972357	-217	-225
	AtREG631	`TTCACGCG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG502	`TCACGCGG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCACGCGG`		-	2972420	2972428	-288	-296
	AtREG631	`TTCACGCG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG502	`TCACGCGG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAATGGGCTTG`		-	2972489	2972499	-357	-367
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CTAAGGCC`		-	2973383	2973390	-1251	-1258
	AtREG577	`CTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak C 8 - 2972056 AT1G09195.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`C`	8	-	2972056	AT1G09195.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 2972094 AT1G09195.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2972094	AT1G09195.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None