PlantPromoterDB promoter information of AT1G09210.1

Summary of Gene (AT1G09210.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G09210 TAIR NCBI
Gene model	AT1G09210.1
Description	calreticulin 2 (CRT2); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to salt stress; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calreticulin/calnexin, P (InterPro:IPR009033), Calreticulin/calnexin (InterPro:IPR001580), Calreticulin/calnexin, conserved site (InterPro:IPR018124), Calreticulin (InterPro:IPR009169), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CRT1 (CALRETICULIN 1); calcium ion binding / unfolded protein binding (TAIR:AT1G56340.2); Has 6897 Blast hits to 3331 proteins in 371 species: Archae - 6; Bacteria - 265; Metazoa - 3811; Fungi - 490; Plants - 317; Viruses - 187; Other Eukaryotes - 1821 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 2977655-2976456)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G09210.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09210.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 59 - 2976699 -44

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	59	-	2976699	-44

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 2976698 -43

TSS clone A clone - 2976696 -41

TSS clone T clone - 2976695 -40

TSS clone G clone - 2976686 -31

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	2976698	-43
TSS clone	`A`	clone	-	2976696	-41
TSS clone	`T`	clone	-	2976695	-40
TSS clone	`G`	clone	-	2976686	-31

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTATATATAAGC - 2976720 2976731 -65 -76

Y Patch TCCTCTCCTC - 2976735 2976744 -80 -89

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTATATATAAGC`	-	2976720	2976731	-65	-76
Y Patch	`TCCTCTCCTC`	-	2976735	2976744	-80	-89
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACGTGGCT - 2976804 2976812 -149 -157

AtREG413 TACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450 ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CTGACGTGTCG - 2976827 2976837 -172 -182

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517 TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481   GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478    ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG TACACGTGTCA - 2976929 2976939 -274 -284

AtREG453 TACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389    ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACGTGGCT`		-	2976804	2976812	-149	-157
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`CTGACGTGTCG`		-	2976827	2976837	-172	-182
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG481	`GACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`TACACGTGTCA`		-	2976929	2976939	-274	-284
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None