PlantPromoterDB promoter information of AT1G09310

Summary of Gene (AT1G09310)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G09310 TAIR NCBI
Gene model	AT1G09310
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: apoplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF538 (InterPro:IPR007493); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G56580.1); Has 197 Blast hits to 195 proteins in 15 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 191; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3008109-3009308)

`Genome position from initiation codon` `AT1G09300.1 AT1G09300.2 AT1G09310.1 TSS from cDNA TSS information AT1G09310 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09310

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 151 + 3009059 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	151	+	3009059	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 3009057 -52

TSS clone C clone + 3009058 -51

TSS clone A clone + 3009059 -50

TSS clone A clone + 3009060 -49

TSS clone C clone + 3009063 -46

TSS clone A clone + 3009065 -44

TSS clone G clone + 3009108 -1

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	3009057	-52
TSS clone	`C`	clone	+	3009058	-51
TSS clone	`A`	clone	+	3009059	-50
TSS clone	`A`	clone	+	3009060	-49
TSS clone	`C`	clone	+	3009063	-46
TSS clone	`A`	clone	+	3009065	-44
TSS clone	`G`	clone	+	3009108	-1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GCTATATATC + 3009022 3009031 -87 -78

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GCTATATATC`	+	3009022	3009031	-87	-78
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTCGTTTT + 3008813 3008822 -296 -287

AtREG493 ACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415 CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520 GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTCGTTTT`		+	3008813	3008822	-296	-287
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None