PlantPromoterDB promoter information of AT1G09740

Summary of Gene (AT1G09740)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G09740 TAIR NCBI
Gene model	AT1G09740
Description	ethylene-responsive protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UspA (InterPro:IPR006016), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Universal stress protein A (InterPro:IPR006015); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: universal stress protein (USP) family protein (TAIR:AT3G11930.1); Has 2952 Blast hits to 2858 proteins in 613 species: Archae - 247; Bacteria - 2061; Metazoa - 48; Fungi - 51; Plants - 388; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3153603-3154802)

`Genome position from initiation codon` `AT1G09740.1 TSS from cDNA TSS information AT1G09740 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G09730.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09740

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 30 + 3154537 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	30	+	3154537	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 3154532 -71

TSS clone A clone + 3154554 -49

TSS clone G clone + 3154566 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	3154532	-71
TSS clone	`A`	clone	+	3154554	-49
TSS clone	`G`	clone	+	3154566	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAGCCC + 3154255 3154262 -348 -341

AtREG409 AAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACCGGAAA + 3154264 3154271 -339 -332

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCACGCGC + 3154390 3154397 -213 -206

AtREG395 TCACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ATACCCTT + 3154479 3154486 -124 -117

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAGCCC`		+	3154255	3154262	-348	-341
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACCGGAAA`		+	3154264	3154271	-339	-332
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCACGCGC`		+	3154390	3154397	-213	-206
	AtREG395	`TCACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`ATACCCTT`		+	3154479	3154486	-124	-117
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None