PlantPromoterDB promoter information of AT1G09815.1

Summary of Gene (AT1G09815.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G09815 TAIR NCBI
Gene model	AT1G09815.1
Description	POLYMERASE DELTA 4 (POLD4); FUNCTIONS IN: DNA-directed DNA polymerase activity; INVOLVED IN: DNA replication; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA polymerase delta, subunit 4 (InterPro:IPR007218); Has 137 Blast hits to 137 proteins in 62 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 40; Fungi - 58; Plants - 33; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3188460-3189659)

`Genome position from initiation codon` `AT1G09812.1 TSS from cDNA TSS information AT1G09815.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09815.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 3189421 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	3189421	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3189393 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3189393	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTA + 3189150 3189157 -310 -303

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAATGGGCCGAT + 3189294 3189305 -166 -155

AtREG551 CAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555     GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GAAGCCCATTA + 3189309 3189319 -151 -141

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGGCC + 3189338 3189345 -122 -115

AtREG425 ATAAGGCC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTA`		+	3189150	3189157	-310	-303
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAATGGGCCGAT`		+	3189294	3189305	-166	-155
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GAAGCCCATTA`		+	3189309	3189319	-151	-141
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAGGCC`		+	3189338	3189345	-122	-115
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None