PlantPromoterDB promoter information of AT1G10940.1

Summary of Gene (AT1G10940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G10940 TAIR NCBI
Gene model	AT1G10940.1
Description	Encodes a plant protein kinase similar to the calcium/calmodulin-dependent protein kinase subfamily and the SNF1 kinase subfamily (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress. Kinase activity of its homolog in tobacco is induced by hyperosmotic condition within 1 minute.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3659170-3657971)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G10940.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G10940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 3658563 -393

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	3658563	-393

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 3658578 -408

TSS clone T clone - 3658539 -369

TSS clone T clone - 3658536 -366

TSS clone T clone - 3658409 -239

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	3658578	-408
TSS clone	`T`	clone	-	3658539	-369
TSS clone	`T`	clone	-	3658536	-366
TSS clone	`T`	clone	-	3658409	-239

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTTC - 3658547 3658555 -377 -385

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTTC`	-	3658547	3658555	-377	-385
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGTCCC - 3658634 3658642 -464 -472

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AAGCGCGT - 3658718 3658725 -548 -555

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG CGTGTCGT - 3658767 3658774 -597 -604

AtREG428 CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGTCCC`		-	3658634	3658642	-464	-472
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGT`		-	3658718	3658725	-548	-555
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`CGTGTCGT`		-	3658767	3658774	-597	-604
	AtREG428	`CGTGTCGT`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TATATGGGCCG + 3659035 3659045 AT1G10950.1

AtREG620 TATATGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAAGGCCCAAT + 3659073 3659083 AT1G10950.1

AtREG359 AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TATATGGG + 3659113 3659120 AT1G10950.1

AtREG620 TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGCCCAATTA + 3659152 3659163 AT1G10950.1

AtREG525 CAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600     CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif