PlantPromoterDB promoter information of AT1G10960

Summary of Gene (AT1G10960)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G10960 TAIR NCBI
Gene model	AT1G10960
Description	FERREDOXIN 1 (ATFD1); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, iron-sulfur cluster binding, 2 iron, 2 sulfur cluster binding; INVOLVED IN: electron transport chain; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR006058), Ferredoxin (InterPro:IPR001041), Ferredoxin [2Fe-2S], plant (InterPro:IPR010241), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FED A; 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron carrier/ iron-sulfur cluster binding (TAIR:AT1G60950.1); Has 5347 Blast hits to 5345 proteins in 903 species: Archae - 63; Bacteria - 3637; Metazoa - 8; Fungi - 9; Plants - 447; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1181 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3663445-3664644)

`Genome position from initiation codon` `AT1G10950.1 AT1G10960.1 TSS from cDNA TSS information AT1G10960 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G10960

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 61 + 3664389 -56

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	61	+	3664389	-56

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3664386 -59

TSS clone A clone + 3664387 -58

TSS clone T clone + 3664390 -55

TSS clone A clone + 3664395 -50

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3664386	-59
TSS clone	`A`	clone	+	3664387	-58
TSS clone	`T`	clone	+	3664390	-55
TSS clone	`A`	clone	+	3664395	-50

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAA + 3664353 3664361 -92 -84

Y Patch TCCTCTCTCCC + 3664362 3664372 -83 -73

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAA`	+	3664353	3664361	-92	-84
Y Patch	`TCCTCTCTCCC`	+	3664362	3664372	-83	-73
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGACC + 3664096 3664103 -349 -342

AtREG406 GTGGGACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG ACGCCACGTGGCAG + 3664332 3664345 -113 -100

AtREG508 ACGCCACG       PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG371 CGCCACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379      ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG468       CGTGGCAG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGACC`		+	3664096	3664103	-349	-342
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`ACGCCACGTGGCAG`		+	3664332	3664345	-113	-100
	AtREG508	`ACGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG371	`CGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG468	`CGTGGCAG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None